Inilah tiga buah struktur yang sekarang ini paling banyak dipakai sebagai cara pengorganisasian materi di Web: struktur pohon, struktur berpaut, dan struktur bebas. Pengorganisasian materi dapat terlihat secara fisik sebagai taut antarhalaman, namun sesungguhnya yang lebih mendasar adalah kaitan yang menjadi arus utama (mainstream) pokok pemikiran di belakang materi Web.
Struktur pohon: salah satu simpul menjadi induk dari yang lain.
Struktur pohon, atau disebut juga sebagai struktur hirarki, adalah bentuk klasik yang paling banyak dipakai dan mudah dirunut. Silsilah keluarga, jadwal pertandingan, struktur organisasi, jalur penerimaan pegawai, struktur direktori dan berkas, adalah sekian dari banyak pemakaian model hirarkis ini. Kendati penggunaan hyperlinks dan penemuan WWW menyajikan cara menghubungkan banyak dokumen dengan teknik yang praktis, representasi gaya Gopher masih digunakan sampai sekarang.
Contoh pemakaian struktur pohon yang hampir absolut adalah menyusun situs Web pribadi menggunakan alat bantu seperti Microsoft FrontPage. Karena disusun semata-mata berbekal kerajinan tangan dan tanpa pemrograman atau berbasis templat, maka halaman Web dengan struktur pohon merupakan jenis yang paling mudah disusun. Tidak heran pada awal-awal pembuatan halaman Web pribadi, seperti yang banyak digunakan oleh pemakai Yahoo! Geocities, struktur pohon dengan navigasi berupa menu, merupakan bentuk pakem.